有机肥生产工艺流程主要包括以下步骤：堆制技术：准备阶段：堆前夯实地面，确保堆制过程中的稳定性。混合堆制：将、泥炭、乐贝丰秒腐剂等发酵原料按比例混合均匀，进行堆制。搅拌翻堆条垛式发酵工艺：物料堆置：物料以垛状堆置，排列成多条平行的条垛，条垛的断面形状通常为三角形或梯形。专指以各种动物废弃物（包括动物；动物加工废弃物）和植物残体（饼肥类；作物秸秆；落叶；枯枝；草炭等）为原材料，采用物理、化学、生物或三者兼有的处理技术，经过一定的加工工艺（包括但不限于堆制；高温；厌氧等）。有机肥经生物物质、动植物废弃物、植物残体加工之后。
有许多报道指出,用腐熟堆肥制备种子苗床能抑制土传病害。并且在堆肥过程的高温阶段过后接踵而来的拮抗性细菌,可使菌数达到很高水平;堆肥过程中各有机物在微生物作用下,达到不易分解、稳定、作物易吸收状态;同时微生物作用在一定范围内减少重金属害作用。可见,堆肥是制造生物有机肥的简便而有效的方法。动物源（动物：羊粪、猪粪、牛粪等都是比较好的有机肥原料。有机质含量高，但由于纤维含量少不易分解。使用时要经过充分腐熟发酵，高温杀灭病虫卵、菌和杂草种子。（动物加工废弃物：加工废弃物，甚至是养殖废弃物等也能成为有机肥的原料。通常采用的是无公害生物降解法。
好氧发酵：在人工控制和一定碳氮比例（C/N）、水分、温度和通风的情况下，通过微生物将有机质为稳定的腐殖质的过程，这类堆肥无臭无蝇，反而有淡淡的泥土味。有机肥发酵工艺,静态条垛堆肥：无需翻堆，能够确保堆体有效的达到高温和病原菌体灭活，缩短堆肥周期。后可施用。蔗渣发酵法很多糖厂会产生大量的蔗渣、滤泥、废醪液、炉灰等，这些可以经过生物高温发酵，生产出优质的生物有机肥。首先将蔗渣和腐熟菌种按照,m进行分层混发酵，期间不断的喷洒醪液以增加水分，等到水分干时，可以适量的加入滤泥和炉灰以增加养分，一般发酵,,后可施用。
利用动物血液发酵法制备液体生物有机肥工艺，属生物工程领域，涉及利用动物血液为发酵底物，辅以红糖、白糖、豆油沉渣，采用混合菌种发酵和蛋白酶酶解同步技术，在适宜的温度条件下，经发酵酶解,时后降至常温灌装。这种工艺可提高蛋白质降解率和菌群活化能力，节省时间和能源，降低生产成本。（微生物菌剂工艺：草炭或其他吸附剂 菌粉微生物固体菌剂或颗粒肥包装（生物有机肥工艺：有机肥粉状或颗粒 菌粉生物有机肥包装（复合微生物肥料（生物复混肥）：化肥（N、P、K）配料→混合→造粒→烘干冷却→筛分→包装菌粉（微生物冲施肥微生物拌种剂。
