有益微生物在土壤中活动，可以促进土壤养分的和释放，提高土壤的生物活性，同时抑制有害微生物的生长，减少土传病害的发生。生产工艺：有机肥：生产工艺相对简单，主要通过自然发酵或人工堆制使有机物质腐熟。生物有机肥：生产工艺更为复杂，需要在有机肥的基础上添加有益微生物，并进行无害化处理。有机肥加工厂技术、工艺流程和工程方案,技术：沼渣从厌氧处理池清理出来，送到有机肥车间，接种微生物发酵菌种，补充各种营养元素，搅拌均匀后输送提升到塔式发酵仓内，在塔内翻动、通氧，快速发酵除臭、脱水，通风干燥部分形成商品有机肥；部分加入炭化物质制工泥炭提供给其他厂家生产基肥。
有许多报道指出,用腐熟堆肥制备种子苗床能抑制土传病害。并且在堆肥过程的高温阶段过后接踵而来的拮抗性细菌,可使菌数达到很高水平;堆肥过程中各有机物在微生物作用下,达到不易分解、稳定、作物易吸收状态;同时微生物作用在一定范围内减少重金属害作用。可见,堆肥是制造生物有机肥的简便而有效的方法。有机肥料无害化处理的堆、沤方法也很多，如EM堆腐法、自制发酵催熟堆腐法和工厂化无害化处理等。EM堆腐法EM是一种好氧和嫌氧有效微生物群，主要由光合细菌、放线菌、酵母菌和乳酸菌等组成，在农业和环保上有广泛的用途。它具有除臭、杀虫、杀菌、净化环境和促进植物生长等多种功能。用它处理人。
分子膜发酵有机肥技术分子膜发酵有机肥技术是一种高效的有机肥生产技术，它采用分子膜覆盖堆肥工艺，通过静态好氧发酵的方式，为微生物的繁殖创造了一个稳定的环境，从而加速有机物的分解和，生成高质量的有机肥。技术原理分子膜发酵有机肥技术主要利用分子膜的特性，对堆肥过程中的水分。现代堆肥发展在,代的时候，国内基本掌握了堆肥的技术，工艺也慢慢变得成熟。华北设计院污泥与生活垃圾堆肥中期实验；北京科学研究院研制污泥动态发酵器；中国农机院发出最早的槽式翻堆机；中国农大研发复合微生物接种剂常见工艺根据有机肥工艺不同，需要注意也有所区别。
