微生物将有机物分解成简单的化合物，如糖和脂肪酸。在次级分解阶段，这些简单化合物被进一步分解成二氧化碳、水和氨。生物腐解对生态系统有着重要的作用，它使动植物遗体能够被为可以被其他生物利用的物质。这些物质包括氮、磷和钾等营养元素，这些营养元素对于植物的生长和发育是必不可少的。拮抗作用：抑制并排斥过路菌群：微生物通过拮抗作用，能够有效地抑制并排斥那些可能对生态环境或人体健康造成不良影响的过路菌群，从而维护生态平衡和人体健康。调整微生物平衡：这一作用有助于调整人体与微生物之间的平衡状态，保持微生物群落的稳定性和多样性。分解作用：分解有机质：在土壤中。
微生物是通过调节产生酶，同时改变了细胞膜的通透性，是酶释放到体外，把有机物水解成基本单位，然后进入细胞膜，进行新陈代谢。微生物和腐生生物的作用：这些生物通过分解作用，将动植物遗体中的有机物为无机物，如二氧化碳、水和矿物质等，这些无机物是植物生长的重要养分来源。氨化作用：微生物具有将有机氮为无机氮的能力。含氮的有机物经过微生物分解后释放出氨，这一过程被称为氨化作用。农民在腐熟有机肥料时。
部分微生物具有分解作用，可将有机物分解为无机物，部分微生物具有化能合成作用，如固氮菌可使无机物变成有机物。微生物通常具有极其高效的生物化学能力。据研究，乳糖菌在,小时之内能够分解其自身重量,的乳糖，产朊假丝酵母菌的蛋白合成能力是大豆蛋白合成能力的,。微生物降解是指微生物把有机物质成为简单无机物的现象。自然界中各种生物的物及死体经微生物的分解作用为简单无机物。微生物还可降解人工合成有机化合物。如通过脱卤素作用，把DDT为DDE和DDD；通过氧化作用，把艾氏剂为狄氏剂；通过还原作用，把含硝基的除虫剂还原为胺。
微生物的分解作用实质就是呼吸作用，以下是分解作用和呼吸作用关系的详细解释：定义上的联系：分解作用：是指有机物质在生物体外或生物体内被逐步降解的过程。这个过程由多种生物共同完成，特别是微生物，在自然界中扮演着分解者的角色。分解过程大致分为机械作用阶段、生物异化作用阶段、淋溶过程三个阶段。微生物是生命体，为了维持生命状态它需要能量供给，这些能量正是由微生物通过呼吸作用分解有机物产生的，而这个过程往往伴随着二氧化碳的产生微生物的呼吸作用微生物通过生物氧化反应获得能量的代谢过程。不同的微生物，能分别利用葡萄糖或其他小分子有机物或无机物为基质。
