有机肥其腐熟过程是：在堆积、搅拌、通风的好氧状态下，利用微生物分解原材料中的有机物，分解产生的热量可使水分蒸发，能伤害病原菌、寄生虫卵和杂草种子，是一安全、卫生、有机物稳定化的过程。生物有机肥生物有机肥料含有多种养分，有丰富的有机物,因为具有生物活性，肥效持久。功能与作用：微生物菌剂：作为一种辅助性肥料，微生物菌剂能够分解土壤中的钾、磷、氮等元素，提高作物的吸收利用率。它多作为拌种或蘸根使用，帮助作物更好地吸收土壤中的养分。有机肥：有机肥不仅提供作物所需的多种营养元素，还具有改良土壤结构、提高土壤肥力的功能。其肥效期长，多作为基肥使用。
②应用方式差异：有机肥通常作为基肥施入土壤，或在植物生长期追肥；而菌肥的应用更为灵活，可以用于种子拌种、基肥施用、追肥添加以及根部蘸涂等。③应用条件差异：有机肥的施用通常不受条件的限制，但菌肥的有效性依赖于微生物的活性，因此不能与杀虫剂和杀菌剂混合使用，避免长期阳光直射。生物有机肥的国标是NY,有机质含量应该≥,。有效活菌数每克大于等于,。水分含量≤,。pH值要求在,,间，也就是说不能说强酸强碱性的。粪大肠菌群数每克小于,。蛔虫卵死亡率大于等于百分之九十五。有效期也就是保质期要在六个月或者六个月以上。
作物秸秆：农作物秸秆是重要的肥料品种之一，作物秸秆含有作物所必需的营养元素有N、P、K、Ca、s等。在适宜条件下通过土壤微生物的作用，这些元素经过矿化再回到土壤中，为作物吸收利用。纯天然矿物质肥，包括钾矿粉、磷矿粉、氯化钙、天然硫酸钾镁肥等没有经过化学加工的天然物质。主要作用是改土，也能够提供养分，不过要选好的有机肥，鸡粪那些是有重金属和激素的，不好生物有机肥是指特定功能微生物与主要以动植物残体（如畜禽、农作物秸秆等）为来源并经无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。
微生物肥料是一种人工培养的微生物制剂，利用微生物的作用给作物提供养分来源、改善土壤营养状况或改良土壤的理化、生物性质，从而提升作物的产量和品质。微生物肥料的作用主要包括以下几点：培肥地力：微生物肥料中的微生物能够分解土壤中的有机质，释放出养分供作物吸收利用，从而提高土壤的肥力。微生物有机肥是有机固体（包括有机垃圾、秸秆、畜禽、饼粕等）经微生物发酵、除臭和完全腐熟后加工而成的有机肥料或者有机微生物包膜肥。微生物有机肥营养元素齐全，能够改良土壤，改善使用化肥造成的土壤板结。改善土壤理化性状，增强土壤保水、保肥、供肥的能力。
