标准中详细规定了生物有机肥的菌种、外观（感官）、技术指标、有害物质含量指标及产品中无机养分含量要求。在菌种方面，要求使用的微生物菌种应安全、有效，有明确的来源和种名；在外观上，粉剂产品应松散、无恶臭，颗粒产品则应无明显机械杂质、大小均匀、无腐败味。技术指标方面。豆粕有机肥发酵有机肥有种的芳香味，这种味道不刺鼻。豆粕粉状有机肥的检验方法是，直接把粉状有机肥放在一杯水里，如果是漂浮的，那么就是一个合格的有机肥，如果直接下沉，那么这个有机肥就可能有问题，因为有机质要轻。检测粒状有机肥，就是把它放在水里，看溶解度，一般情况下沉淀越多越不好。
再看有无登记证，正规的厂家生产的产品都有登记的证明。还要看包装袋上标明的活菌数量是否符合国家规定（国家规定生物菌剂有效活菌数≥,/克，颗粒状的≥,/克，复合微生物肥料和生物有机肥有效活菌数≥,/克）。不合格的生物菌肥绝不购买。生物菌肥可以单独使用。检查产品的规范性。在购买微生物肥料时，应检查包装上是否包含以下要素：公司名称、企业地址、联系电话、执行标准、肥料登记证号、产品通用名称、有效期、合格证、有效成分等。了解相关标准。微生物肥料应符合以下标准：NY,机肥料，NY,物有机肥，GB,生物菌剂。
首先，对于微生物肥料自己来说，菌数是衡量一种菌肥是否达标的重要依据，国家规定微生物菌剂有效活菌数≥,/克(颗粒,/克)，复合微生物肥料和生物有机肥有效活菌数≥,/克。如果达不到这一标准，说明产品质量达不到要求。其次，是产品本身的有效性，施用菌肥的时候。买的生物菌肥长毛了，又有人说这是菌丝，到底好不好除了及其个别的放线菌产品，常见生物菌肥在正常储存过程中并不“长毛”，常见“长毛”的产品是没有发酵彻底的有机肥，在高温高溼的环境下，产生了大量的有害霉菌。正因为大量的“长毛”，这种产品才没有新增任何的“功能细菌”。
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