在有氧的条件下，土壤中的氨或铵盐在硝化细菌的作用下最终氧化成硝酸盐，这一过程叫做硝化作用。氨化作用和硝化作用产生的无机氮，都能被植物吸收利用。在氧气不足的条件下，土壤中的硝酸盐被反硝化细菌等多种微生物还原成亚硝酸盐，并且进一步还原成分子态氮，分子态氮则返回到大气中。微生物的呼吸作用实质上就是细胞内物质的分解、氧化和释放能量的过程，是新陈代谢的异化作用。呼吸作用中物质的氧化主要是以脱氢方式（同时失去电子）实现的，即在化学反应中一种物质脱氢同时失去电子被氧化，另一种物质得到氢和电子被还原。在此过程中释放的能量主要被贮存在ATP（三磷酸腺苷—）中。
造肥作用植物生长需要氮、磷、钾等大量元素以及铁、锰等微量元素，部分元素需经才能被植物吸收，微生物可承担此工作。以磷元素为例，大气中无磷素气态化合物，磷呈沉积循环，主要在土壤、植物和微生物间进行。土壤微生物参与无机磷化合物溶解、有机磷化物矿化及可给性磷固持作用。作物生长季。这个过程就像微生物在“吃东西”和“消化”一样。它们会把体内的大分子物质成小分子，同时释放出能量。这就像是家里垃圾处理站的工作。微生物就像那些勤劳的小工人，把复杂的“垃圾”分解成简单的、可以再利用的小分子，比如水和二氧化碳等。而且，微生物之间的相互作用也很神奇。
葡萄糖在微生物发酵中起到的作用是作为微生物生长繁殖不可或缺的营养物质，为微生物提供能量、碳源以及合成细胞组成成分和代谢产物的原料。以下是详细解释：提供能量：葡萄糖是微生物进行呼吸作用的主要底物。在微生物细胞内，葡萄糖通过糖解作用、柠檬酸循环和氧化磷酸化等过程被逐步氧化分解。它们形体微小，结构简单，得用上光学显微镜或者电子显微镜才能一睹真容呢！微生物的作用可大了去了！它们是生物圈里的清洁小能手。在有机物的矿质化过程中，那些异养型的微生物就像分解者一样，把有机物分解成无机物，和生产者一起努力维持着生物圈内的物质循环，让生态系统保持平衡。
