聚磷菌的这个特性对水质调控来讲意义重大，在解决水体富营养化的问题上有其的优势，富营养化的问题，往往是蓝藻的大量繁殖，而蓝藻的大量繁殖，其根本原因被认为是磷含量超标，那么含有聚磷菌的生物制剂作用就非常明显，也是即环保又经济的蓝藻防控手段，实践证明效果较好。磷在污水中的存在形式有正磷、亚磷、次磷、有机磷。正磷除去的主要方法是化学沉析法，将磷酸盐变成不溶性盐再析出。现在主要有钙盐，铝盐，铁盐。生物除磷是利用聚磷菌的生化作用除磷。基础原理是：利用聚磷菌在厌氧条件下能充分释放其细胞体内的聚合磷酸盐。
生物除磷：利用好氧型细菌在特定条件下对有机磷或偏磷进行硝化分解。一部分磷被微生物吸收为微生物污泥，另一部分磷则被分解去除。生物和化学结合法：结合生物法与化学法的优点，既利用微生物的分解作用，又通过化学沉淀等方式进一步去除磷。电解法：通过电解过程产生化学反应。磷酸盐的去除方法主要包括化学沉淀法、生物除磷法、吸附法以及离子交换法。化学沉淀法：原理：通过向废水中投加化学药剂（如铁盐、铝盐、钙盐等），使其与磷酸盐反应生成不溶性的磷酸盐沉淀物，然后通过沉淀、过滤等步骤将其从废水中分离出来。优点：操作简单，处理效果稳定。
总磷超标的处理方法主要包括以下两种：化学除磷法：方法概述：在总磷超标的水体中投放钙盐、铁盐、铝盐等无机盐除磷剂。作用原理：这些无机盐除磷剂能与水体中的磷酸盐反应生成难溶性的磷酸盐沉淀，从而有效降低水体中的磷含量。生物除磷法：方法概述：通过培养好氧型细菌和微生物来处理水体中的磷。生物除磷机理生物除磷原理利用好氧微生物中聚磷菌在好氧条件下对污水中溶解性磷酸盐过量吸收作用，然后沉淀分离而除磷。厌氧环境：污水中有机物在厌氧发酵产酸菌作用下为乙酸苷;而活性污泥中的聚磷菌在厌氧的不利状态下，将体内积聚的聚磷分解，产生的能量一部分供聚磷菌生存。
